一九一五年六月二十九日清晨，羅俊被捕後，余清芳眼見事機敗漏，立即逃向位於今日的台南縣和高雄縣交界江定的根據地後堀仔山區，和江定等人導的武裝組織結合，共同商議如何起事。他們從七月初就開始發動一連串的襲擊行動，燒毀很多處派出所，殺害數十名日本警民、眷屬。以甲仙埔為主要攻擊目標的抗爭活動，一直延續到七月十六日。在最初的幾天，抗軍勢如破竹，但在日警反攻之下，由於抗軍人數較少、不能作持續的戰鬥、武器裝備不良等因素，抗軍只好在地方居民的掩護之下，突破日搜查隊的包圍線，退回江定在後堀仔山中的根據地。

余清芳、江定返回後堀仔山後，乘著攻打甲仙埔的餘威，極力招徠同志，總計約達300多人，他們便開始策劃第二波攻擊行動，決定鎖定目標襲擊南庄(台南縣南化鄉南化村)等警察派出所。八月二日晚上十點半左右，北寮、南庄間電話線被切斷，到了半夜，抗軍開始襲擊南庄派出所。在戰鬥之中，余清芳和江定商議採火攻，徹底地殲滅南庄派出所。他們從南庄民家徵調了十多桶煤油，分別裝在汽水瓶、立瓶中，將它們點燃後，從窗口或屋頂丟進派出所內。一時之間，火光沖天，煙霧彌漫。在派出所內的婦女、小孩悲慘地哭叫著，他們大都活活地被燒死。也有少數人從屋裡逃出來，也都被在外的抗軍殺死。

八月三日余清芳、江定的抗爭民兵大隊進駐台南縣左鎮鄉內庄仔庄，他們在此做了幾項攻擊的策略：1、派民兵燒燬崗仔林庄派出所。2、決定往噍吧哖方向前進，最後攻佔大目降(今日新化鄉)和台南市。不過，余、江二人決定直接攻擊警力雄厚的殖民行政中心，也是導致整個武裝抗爭失利的重要原因。抗軍於噍吧哖庄（今日的玉井鄉）所面對的強大火力，包括以下幾個馳援的警力和軍力：八月二日，南庄派出所遭余、江抗軍攻擊燒燬，噍吧哖支廳長立刻下令採取緊急措施，召集各派出所日警50餘名，火速趕往南庄支援。大目降支廳長也率領警察隊190人到噍吧哖支援。八月三日，台南廳長下令派遣第二守備隊中步兵第二聯隊的步兵第一中隊(一中隊有90名士兵)自台南的基地到大目降，準備發動攻擊。這支隊伍在八月四日到達大目降後，八月六日經過南庄，繼續往北前進到噍吧哖庄。

此外，南庄警察派出所日本人全部被余清芳等殲滅的消息傳到總督府時，當時台灣第六任總督為安東貞美 (1853-1932) 認為事態嚴重，馬上下令駐紮在南部正在演習行軍的第二守備隊歸營，全軍進入戒嚴狀態。八月四日上午派出步兵砲兵聯合部隊中的步兵四個中隊，砲兵一個小隊(一小隊有30明士兵)，總共約400名士兵，配備有二門大砲，自台南的基地出發後，兵分三路，經過大目降、杉林、六甲前往噍吧哖支援。同一天，也派出擅長於熱帶戰爭的耐熱行軍約70名士兵，配備有二門大砲，自台南的基地火速趕到到噍吧哖去打仗。次日，總督府還命令黑田部隊中的步兵二中隊和山砲兵小隊約210名士兵自大目降到噍吧哖去支援。等到八月六日時，上述威力強大的現代軍隊開始陸續抵達噍吧哖(見圖六)。

這些部隊來得正是時候了。八月三日，抗軍燒毀崗仔林派出所後，八月四日晚上，渡過後堀仔溪上游，沿虎頭山麓進入噍吧哖北方。等到噍吧哖的日本人接獲這項情報時，馬上決定將散居在噍吧哖街二百多個非擔任公職的日本人，全部集中到當地的製糖廠來，而有戰鬥能力者則被派參加防衛工作。八月五日清晨五點多，抗軍沿著虎頭山通往噍吧哖街的數條小溪，到逼近市街約五、六十公尺處開始射擊。八點多，抗軍的攻勢更加猛烈，一大群裸著上半身、腰帶神符的刀槍隊，利用地形的障蔽，在槍手的掩護下，衝進日本警察隊的掩堡。下午三點開始，抗軍再度發動攻擊。下午六點，抗軍的裸體拔刀隊殺入日警掩堡，但無功而返，七點三十分抗軍撤退休兵，打算養足精神，明早再戰。

八月六日，炮火再度點燃，抗軍除了戰鬥外，也不斷向噍吧哖庄民喊話，號召他們加入抗爭戰事：「起來吧！加入戰鬥行列或做內應，殺死日本人！」這個時候來自各路的抗軍人馬已達1,000多人，抗軍士氣十分高昂，殺聲、槍聲震撼整個噍吧哖上空。日人眼看情況不妙，如稍有疏忽，噍吧哖一定會落入抗軍之手，因此集結所有日警、日僑，在正規軍未到達噍吧哖前，極力守備。

到下午二點多，日本正規軍終於趕到了，黑田部隊的步兵二中隊和山砲兵小隊立即展開反擊，山砲隊則從沙仔田庄到芒仔芒庄布設砲列，一齊猛烈轟擊。守備噍吧哖的日警隊一見正規軍的來臨，士氣大振，也一併響應攻擊。抗軍原來的素質就參差不齊，加上訓練不足，又有一些是臨時起意、見風轉舵的牆頭草，看情勢不對，就拔腿開溜，這就間接地影響了抗軍的戰鬥意志。加上抗軍的武器很有限，不僅槍枝的數量少，另外僅有二門類似舊式砲的大砲，其他則是鋤頭、耕田用的鐮刀、宋江陣的傳統武器，大家所憑恃的只是一股勇氣和寄望西來庵神符的護佑。相對於抗軍武器的稀少，日軍則是有精良的新式武器。雙方對陣的結果也是可以預期的，在交戰一小時之後，抗軍潰敗如山倒，勝負立見分曉。根據日方的統計，在這次的戰鬥後抗軍遺下159具屍體，又在後來的零星抵抗中，也有150名遭到擊斃。

一九一五年八月初時，當日本軍警衝到噍吧哖去反制抗軍的攻擊時，究竟有多少男女老幼遭到屠殺？如要進一步探究某一村庄是否曾經遭到「屠庄」，可以從日治時期的戶籍資料找到一些佐證。我跟我的助理曾經研究過十五個村庄中下列十個村庄的戶籍資料：沙仔田、芒仔芒、竹圍 (位於今台南縣玉井鄉)、岡仔林、內庄仔庄、(位於今台南縣左鎮鄉)、菁埔寮、中坑、南庄、北寮、竹頭崎 (位於今台南縣南化鄉)。這些資料顯示，在八月六日十個村庄中共有993村民死亡，包括740名男性、112名女性和141名16歲以下的未成年人。死亡人數最多的村庄是竹圍，共有246村民死亡，包括125名男性、64名女性和57名16歲以下的未成年人。一九一五年八月七日，日本警官的報告中有這麼一句話，「六日，軍隊於竹圍庄及其附近村庄，燒民房300戶」。就武裝抗爭史的角度來說，有這麼多房屋被燒燬的話，通常也會有民眾被殺害的情形發生。

至於其他這一天死亡人數很高的村庄還有菁埔寮，共有118村民死亡，而且全數為成年男性；南庄則有114村民死亡，包括111名男性和3名16歲以下的未成年。這兩個村庄在這一天並未爆發戰鬥，有這麼多人死亡，有可能是這些成年男性在噍吧哖之役中陣亡，也有可能是這些成年男性在噍吧哖之役後被選擇性殺害，也可能以上兩種情況都有。

另外，內庄仔庄共有102村民死亡，包括71名男性、15名女性和16名16歲以下的未成年。竹頭崎則有共有191村民死亡，包括146名男性、15名女性和30名16歲以下的未成年。以這兩個村庄的死亡人數，多少能夠看出「屠庄」的痕跡。更何況竹頭崎於一九一五年八月八日還有另一波的死亡高潮，而39名死亡村民中全部為女性(9名)和16歲以下的未成年(30名)，包括17名5歲以下的小朋友。根據檔案資料顯示，日本軍警從未逮捕16歲以下的男女，因此這些未成年人很可能是遭到殘殺的。

岡仔林方面，雖然八月六日的死亡人數有22名，他們可能是參加虎頭山戰鬥而死的，但八月十一日的死亡人數竟然高達68人，而且全部是閩南籍的成年男性。按這一天戰事已經結束了，但為何死亡人數如此之多？這是因為抗軍退回岡仔林，構築掩體準備頑抗，日人攻堅之餘，無辜的村民遭到池魚之殃的結果。值得注意的是，前面提到岡仔林庄的平埔族沒有參與抗軍的跡象，而依當時人口統計顯示，岡仔林庄噍吧哖事件後的平埔族男女性比例為52:48，反觀閩南人的男女性比例則為36:64。