臺灣總督府公文類纂是指台灣總督府檔案中永久保存及十五年保存裝釘成卷之檔案，及其他不同年分的保存書類，是日治時期臺灣總督府直接統治臺灣的官方記錄，也是總督府檔案典型的代表，其中永久保存卷冊6789卷、十五年保存卷冊3226卷。「臺灣總督府公文類纂」主要是民政方面的統治記錄，包括財政、經濟、產業、學務、機關組織編制、法律、命令制定等記錄皆包含於其中。該資料係研究日治時期臺灣社會經濟極重要的資料，除了一般公文書、規劃書、人事派令等資料之外，其中還包括不少相關年代之地方行政機關預算書、興建學校、市場之建築圖、工程地圖、規劃地圖等，若能有系統整理，或將可成為重要之日治中、末期臺灣各地方行政區域研究之重要資料。中央研究院與國史館臺灣文獻館合作，已經初步完成臺灣總督府公文類纂的數位化工作，持續進行檔案整理及系統建立的後續工作，目前已經對外開放部分資料。
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