關於噍吧哖事件中的「屠庄」問題和它的死亡人數，眾說紛紜。如王詩琅指出，雖然慘遭殺害的庄民確實數字無從得知，但據傳至少也有數千人之多。林漢泉在其所主編的《南化鄉慶祝祈安清醮專輯》中，提到「噍吧哖事件爆發後，日人在南庄大肆捕殺，……鄉民均未經日本政府偵訊，就地用機鎗掃射，或武士力斬殺身亡者約有1,940餘眾」。程大學《余清芳傳》對於日人軍警大屠殺一事，認為確有其事，雖然他沒有推估被屠殺的人數，但認為有幾萬人或幾千人說法的可能性並不高。根據涂順從的調查，據耆老敘述日人搜索隊所經過之處，房子都被燒燬，抗軍成員或被集體屠殺，或被集體逮捕，或被迫集體跳崖，而一般平民被誤認為抗軍而遭到屠殺的更是不計其數。此外，周宗賢曾對於「屠庄」問題曾做過詳細的研究，他在《臺南縣噍吧哖事件之調查研究》中「大屠殺之真相」一節中，用很多的篇幅討論日軍警於各村庄進行屠殺的問題，並就死亡時間、死亡人數、死者的身份等問題進行討論。不過，他也提到竹頭崎庄是「被從庄頭殺至庄尾」，「對於內庄仔庄進行報復性之滅庄為極有可能的事」，並且認為日軍的屠殺可能不僅一次，還曾進行第二度的屠殺，甚至可能持續到一九一五年底還在進行。

一九一五年七月至十二月間，究竟有多少男女老幼遭到日本軍警殺害？在探討這個問題時或許可以從下面幾個方向來思考。首先，前面已經談到，八月六日的死亡人數包括許多陣亡的抗軍。當時有不少成年男性自願或被強迫參加戰鬥，老幼婦孺則是紛紛逃至附近山林避難，因此，這段期間內，遭日軍警殺害的庄民人數應該不會有數千或數萬之多。再則日警搜索隊除了追逐江定這些「土匪」之外，同時也要應付數千個村民的需求，尤其是甲仙、南化部分村庄的庄民，為了躲避戰火而全庄逃離，僅留下一部份婦女老幼。而那些房屋被燒燬的村民一瞬間就變成了難民，他們的吃、住及身體健康頓時就成為一個頭痛的問題。日本警察對於村民有時也採取安置的措施，興建臨時小屋收容，同時供給糧食，也沒有虐待他們。因此，可以推知即使日軍警在鎮壓抗軍初期，在一些村庄有屠殺行為，持續的時間與波及的範圍皆仍然有限。整體來說，大肆屠殺的情形及被殺害的人數或許是被後世過度渲染，所謂「屠庄」暴行的描述，有可能是當時資訊不足的環境下所產生的一種以訛傳訛的說法。

不過，因為搜捕江定的任務遲遲無法完成，使得日本警官對於當地居民的態度越來越感到懷疑，甚至於認為部分村庄的居民「幾乎全部參與 (武裝抗爭)」。如負責南化搜查工作的日本警官在他的報告中談到：「竹頭崎方面，以保正為首庄民均有通匪嫌疑，但皆不肯供認，而且其團結心甚鞏固，懷有危險思想，將該庄民全部留置於南庄派出所繼續偵訊。興化寮庄民…無一人投案」。

其實，為了保護自己生命、財產的安全，大部分村民盡量配合日本搜查隊的行動。不過，也有村民私底下對其親戚朋友強調，余清芳將來會再率更多的抗軍起義。因此，有些日本警官擔心村民表面上是恭順服從的，不過一旦余清芳再興風作浪時，他們必定會附和。結果，日本搜索隊在防止抗軍的一再突擊之時，同時也要防範部分村民的偷襲。

面對這麼多抗爭與抵制，有部分日本警官覺得忍無可忍，開始向部分村庄及其無辜的村民發洩他們的怨氣，包括砲擊溪谷、焚燒密林等。在甲仙一帶，為了「鼓勵」當地村民把尚未下山的抗軍成員全部引誘出來，因此竟然將把部分保正等地方領袖逮捕，拘留在甲仙埔支廳，聲稱等到抗軍成員全部歸順後才會予以釋放。此外，因為懷疑有的村庄還住著逃亡的抗軍家眷，他們有供應糧食給抗軍的嫌疑，為了切斷他們和抗軍的往來，命令這些眷屬全部遷到甲仙埔居住。

在竹頭崎方面，日警認為竹頭崎庄民和江定素有情誼，要他們協助拘捕江定是有困難的，甚至庄民還有暗中供給江定糧食江的嫌疑，所以決定將二者隔絕。到了九月下旬，日方傳召全體庄民，除了選出隘寮腳江石頭等二十四人，要他們發誓代表庄民贖罪，任搜索隊員；為了避免其他的庄民「通匪」，更將他們集體遷往噍吧哖者居住。在前往噍吧哖的途中，有一部分婦孺女子產生心有疑懼，有數名壯丁更趁機逃入山中。遷住噍吧哖的竹頭崎庄民，則以臨時搭建的小屋安置家族同棲，並將年青力壯有勞動能力的人者送到台南製糖公司，擔任蔗園除草工，協定以所得工資抵補伙食費。

進入十月時，江定仍然在逃，日本警官已經不耐煩且感到忿怒，就命令被遷居到噍吧哖的竹頭崎庄民之中有在逃的四十四名抗軍的家族眷中的婦女和小孩進入山中尋找其親屬（或是父親乃至丈夫、兄弟），發給他們每個人一星期的糧　　食，如沒有找到江定不准返回。這些婦孺共有一百一十五人，包括四十五名婦女，七十名小孩。在此情況下，這些婦孺也只能默默地上路，纖弱的婦女帶著年幼的小孩，行路之困難是不難想見的。幾天之後，日本警官到山上巡邏時，發現有一部分的婦女小孩子在臨時小屋內午睡，認為他們努力不夠，而加予告誡。最後用這種方法招誘抗軍出降的結果，竟是沒能誘出幾個抗軍，倒是有不少婦孺病例或死亡。此法既然無法奏效，又讓無辜的婦女小孩付出悲慘的代價，因此，日本警官遂在十二月二十五日中止對竹頭崎庄民的管制居住和利用他們的誘降計畫，讓所有竹頭崎的庄民──包括倖存婦孺全部回到竹頭崎庄。

就噍吧哖事件所造成的死亡人數而言，一九一五年七月至八月間的死亡人數非常高，而且以成年男性為主；一九一五年九月至十二月間的死亡人數有明顯減少，但大多數為婦女、老人及幼童為主(見圖八)。以竹頭崎為例，從一九一五年七月至一九一五年十二月間，共有319名村民死亡。八月份的死亡人數最多，共有238名村民死亡，其中大多數(148名；62%)為成年男性。反觀九月至十二月間，共有78名村民死亡，其中48名(61.5%)為10歲以下的小孩。南庄的情況也大致相同：九月至十二月間，共有102 名村民死亡，其中40名為10歲以下的小孩。菁埔寮方面共有66 名村民死亡，其中27名為10歲以下的小孩(見圖九)。

更長期來說，從一九一五年七月到一九一七年十二月，十村庄的人口總數大幅減少了三分之一，尤其在一九一五年這一年，除了芒仔芒庄之外，每個村庄的人口減少了10%以上(見圖十)。至於眾所關心的死亡率問題，也只有透過當時的戶口調查和戶籍資料才能有明確的認知。根據這些人口資料，一九一三年和一九一四年間，十村庄的死亡率平均為1% 到 5%，但在一九一五年七月到一九一五年十二月的短短半年內，竹頭崎的死亡率暴增到27.3%。其他村庄的死亡率也很高，如南庄的死亡率增加到19.1%、竹圍的死亡率增加到16.1%、沙仔田的死亡率增加到15.7%、內庄仔庄的死亡率增加到14%、菁埔寮的死亡率增加到13.4%等等。即使在一九一六年和一九一七年的死亡率，也在 4% 與 8% 之間，由此可見噍吧哖事件對於當地人民生命安全的衝擊有多麼地嚴重，造成大量人口的死亡。

不僅如此，因為十村庄的成年男性中，有很多人被殺害，或者是因此事件入獄服刑，所以這些村庄一九一六至一九一九年的出生人數皆較事件前五年的平均出生人數為低。而留下來的女性常常把他們的小孩送給附近沒有收到波及的村庄收養。因此，一九一五年到一九一七年間，十村庄的外移人口佔每年為總人口的8% 到10%。結果，這些村庄的人口很難回到原有的水準，甚至於到了一九一九年仍然在減少中。甚至，一九二０年四月，大目降公學校菜寮分校(現左鎮國小前身)創校時，入學一年級的學童六十多名，而內庄仔庄竟然沒有入學的學童。