明治29年(1896)臺灣總督府斟酌劉銘傳撫墾局舊制，設撫墾署為獨立官衙組織，管理蕃地的撫育授產，並將理蕃政務與普通行政分離，視為蕃地為特別行政。蕃人不需繳稅，但也未擁有山林原野所有權，不適用民刑法，並禁止與漢人通婚，除非官方特許，一般人不得隨意進出蕃地。在此一制度下，蕃地與一般街庄地形同兩世界，分然有別的並存於臺灣島上。

臺灣東部因為漢人極少，居住地亦複雜，蕃人仍居十之七、八，自臺東支廳及臺東撫墾署開創以來，對「蕃地」與「街庄地」的管理與行政權限未能判然區隔，也因此向來將民蕃雜處的東部地區，視為行政特殊區域。直至明治38年(1905)民政局長正式要求庄、社分立，地界分明，凡是居住或遷入民庄的蕃人，都需要於戶口集計表中將其合併記入原蕃社中，並且加以註記。自明治39年度起，開始對廳內的「平地蕃」課稅，認為阿美族與卑南族已具備成為「本島人」的條件，可將之納入普通行政內，藉由納稅脫離「生蕃」階段，以「化蕃」身份加以保護。至大正3年(1914)阿美族與卑南族正式納入普通行政區，此舉措為蕃政上的一大事功，對東部族群治理也邁向另一階段。